公元1052年，时任关白官职的藤原赖通从父亲藤原道长处继承了别墅，将其改建成佛寺，创建了平等院。
同时，这一年时值佛教的末法初年，末法思想深入贵族和僧侣之心，祈愿往生极乐世界的净土信仰广泛流传于社会各阶层。翌年，即公元1053年，平等院的阿弥陀堂（凤凰堂）落成。堂内安置了由平安时代顶级佛师定朝制作的高一丈六的阿弥陀如来坐像，华贵至极。
约一千年前修建的建筑物和佛像一直流传至今，被列入世界遗产。
平安时代
- 公元1052年（永承7年）
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时值末法初年，藤原赖通从父亲藤原道长处继承了别墅，将其改建成佛寺，创建了平等院。
《藤原赖通像》 江户时代初期（公元17世纪前后） 净土院收藏
- 公元1053年（天喜元年）
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随着末法思想、净土信仰的深入人心，平等院内修建了阿弥陀堂（凤凰堂）并在堂内安置了阿弥陀如来坐像。
境内原有多处该时期修建的佛堂、佛塔等，大多已毁于火灾，不复存在。
《平等院境内古图》 江户时代：最胜院收藏
- 公元1180年（治承4年）
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奉以仁王之令、高举打倒平家旗帜的源赖政与平家军展开激战，无奈兵败宇治，其后于平等院自刎。据称这是日本史上首例武将切腹之举，从此“切腹”被视为一种能保全武士尊严的死亡方式。
如今，该处被称为“扇形草坪”，境内设有源赖政之墓。
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中近世（镰仓时代～江户时代）
- ～1230（镰仓时代前期）
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在创建当初的佛寺正殿遗址上建造了观音堂。
- 公元1336年（建武3年）
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与足利军展开激战的楠木正成在平等院四周放火。
境内除部分建筑外，大部分寺院设施皆被烧毁。 - 公元1496年（明应年间）
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为修复平等院，净土院建成。
- 公元1640年（宽永17年）
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罗汉堂建成。
- 公元1654年（承应3年）
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最胜院创设。
- 公元1670年（宽文10年）
- 阿弥陀堂（凤凰堂）开始大规模修理，更换了正面门扉。其后，阿弥陀堂逐渐被称为凤凰堂。
整个平等院由净土院的净土宗和最胜院的天台宗这两大佛教宗派联手护持。
- 公元1698年（元禄11年）
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宇治遭遇大火，加速了佛寺荒废的进程。凤凰堂内壁扉画上乱刻乱画的问题日趋严重。
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近现代（明治～平成）：公元19世纪～21世纪
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在佛寺日趋萧颓之时，保护凤凰堂的运动逐渐兴起。
- 1902～1907
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凤凰堂的明治（公元1868年～1912年）修理。
期间，云中供养菩萨像亦得到修复，呈现出如今的风采。 - 1950～1957
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凤凰堂的昭和（公元1926年～1989年）大修理。
- 1951
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凤凰堂和阿弥陀如来坐像被指定为日本国宝。
同时，以凤凰堂为图案设计而成的10日元硬币开始发行。其后，梵钟、云中供养菩萨像、天盖、凤凰堂中堂壁扉画、凤凰被依次指定为日本国宝。
- 1967～1972
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为保护文物，“凤凰”“梵钟”“凤凰堂中堂扉画”按顺序被逐一更换。
- 1990～2003
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包括复原洲浜等在内的庭园重建。
- 1994
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作为“古都京都的文化遗产”被联合国教科文组织列入世界文化遗产。
- 2001
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博物馆凤翔馆开馆。
- 2003～2007
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阿弥陀如来坐像、天盖的大修理。
- 2012～2014
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凤凰堂的平成（公元1989年～）大修理。
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